Разбиране на болестта с Tabula Muris - база данни с отворен код чрез Chan Zuckerberg Biohub

В тази нова статия на Open Science ние изследвахме базата данни с отворен код, наречена Tabula Muris, и как тя може значително да допринесе в процеса на разбиране на болестта за нейното предотвратяване или излекуване.

Но преди да направим това, бихме искали накратко да представим инициативата Chan Zuckerberg от Priscilla Chan и нейния съпруг Марк Цукерберг, който вече познаваме като основател и главен изпълнителен директор на Facebook.

Инициативата е създадена на 1 декември 2015 г., с акцент върху подкрепата на науката чрез основни биомедицински изследвания и образование чрез персонализирано учене. Тя разполага с 99% от акциите на Facebook, обещавайки 45 милиарда долара.

Следното видео описва пътуването му досега:

Chan Zuckerberg Biohub, запазена търговска марка „CZ Biohub“, е част от тази инициатива, която работи отделно. Изследователи от Станфордския университет, Chan Zuckerberg Biohub, VA Palo Alto Healthcare System и Университета на Калифорния сформираха екип заедно и създадоха доста изчерпателна база данни с отворени източници на клетки от мишки и я нарекоха Tabula Muris, което означава „Atlas на мишката“.

Biohub провежда изследвания, като следва следните прости идеали:

  • Подпомагане на решаването на големи здравословни проблеми чрез намиране и подпомагане на най-добрите и ярки биолози, учени, инженери и технолози.
  • Култура, която подчертава интелектуалната свобода и сътрудничество.
  • Осигуряване на техния екип с най-добрите научни инструменти.
  • Измислянето на правилните научни инструменти, когато те не са на разположение.

Защо тази нова база данни с отворен код е толкова важна за разбирането на болестта?

Зад всяка превантивна мярка или излекуване се крие колко добре се разбира болестта, за да се лекува или да се борави с нея.

Преди да се запознаем със съдържанието на тази база данни, е важно да знаем какво е модел на мишката. Миши модел е изключително полезен, защото генетично и геномно, човешкият и мишият са много сходни, като много от свързаните с болестта гени са почти идентични. Така че, ако откриете лек за заболяване на мишката, се отваря нова пътека и има голяма вероятност да работите по същия метод за лечение на подобно човешко състояние.

Следователно е ясно защо база данни с отворен код като Tabula Muris може да допринесе значително за ефективното използване и укрепване на този модел на мишка.

DOI: 10.1038 / s41586-018-0590-4

Базата данни се състои от ~ 15 GB от отворен източник на данни, наличен на Figshare, който е отворена платформа за споделяне на данни от изследвания. Кодът и поясненията са налични в GitHub.

Този „Атлас на мишките“ се състои от едноклетъчни транскриптомични данни от моделния организъм Mus musculus (научното наименование за мишка), съдържащ повече от 100 000 клетки от 20 органа и тъкани.

Табула Мури, макар и да не е изчерпателна на сегашния си етап, е поставила солидна основа за бъдещи изследвания в различни физиологични дисциплини.

Ако погледнем накратко някои заключения от минали изследвания, които се основават на миши модели за борба с болестите, би било по-лесно за нас да разберем защо базата данни може да бъде толкова полезна при изучаването на всички тях.

Изследване на заболявания, базирани на модел на мишка

Болест на Алцхаймер

Документът заключи, че в предклиничните проучвания се използват няколко миши модела и въпреки че те представляват ценен инструмент както за тестване на нови лекарства, така и за дешифриране на патофизиологията на болестта на Алцхаймер, те трябва да бъдат подобрени, за да позволят по-добра екстраполация на генерираните резултати в клиниката.

DOI: 10.3233 / jad-170045

Диабет

В последния си параграф, докладът завърши дискусията си за ефективни миши модели, за да разбере диабета и свързаните с наднорменото тегло бъбречни заболявания и да разработи нови диагностични и лечебни стратегии. Диабетът, затлъстяването и бъбречните заболявания са взаимосвързани.

DOI: 10.1371 / journal.pone.0162131

Сърдечна недостатъчност

В заключението на тази статия се подчертава, че сравнително простите модификации в експерименталния дизайн на животински модели на сърдечна недостатъчност имат потенциал да позволят по-добро разбиране на сложността на клиничния синдром на сърдечна недостатъчност, който може да доведе до клиничен напредък при използване на наличните понастоящем технологии.

DOI: 10.1242 / dmm.005017

Рак

Тази последна статия показва значението на една отворена научна инициатива като Biohub. В него се говори за екип от опитни биолози, патолози и клиницисти, както и за специалисти по тъканно инженерство и регенеративна медицина, системна биология, биоматериали, биомедицинска образна диагностика, фармакология, инженерство, физика, материали и биоинформатика. дизайн на модел на мишка, който е много подобен на визията зад как е направена Tabula Muris.

DOI: 10.1016 / j.tibtech.2017.12.001

Преглеждане на всички тези заключения и позоваване на базата данни на Figshare, може да се отнася до неговото значение като нова платформа за студенти и изследователи, за да се изгради върху подобряване на мишки модел.

резюме

Така в тази статия ние обсъдихме накратко Табула Мурис и също така се опитахме да разберем значението й, като го свързахме с изследователската работа по болести, които се управляват от мишия модел.

Моля, споделете с нас в раздела за коментари по-долу, ако имате някаква обратна връзка или мисли за това наскоро достъпни "Mouse Atlas".

Препоръчано

Пълно ръководство за трикратно зареждане на Windows, Kubuntu и Debian
2019
GNOME 3.26 Издаден! Проверете новите функции
2019
3D отпечатване с отворен код: проучване на научни и медицински решения
2019